Schon die nacheiszeitlichen Jäger*innen und Sammler*innen haben die Wälder des Nordschwarzwalds für sich genutzt - jedoch, verglichen mit heutigen Maßenstäben, nicht sehr intensiv. Sie legten aber bereits Brände zur Verbesserung ihrer Jagdgründe, wodurch sie immer wieder für Lichtungen im Wald sorgten, auf denen Wildtiere grasen konnten und so leichter zu jagen waren. Im Laufe der Zeit rotteten die Jäger*innen die großen Pflanzenfresser nach und nach aus, wodurch sich auch die Wälder stark veränderten.
Vor 1000 Jahren war das gesamte Nationalparkgebiet dann mit strukturreichen Urwäldern bedeckt, viele Baumriesen darin waren ebenso alt. Zwischen dichten Waldpartien gab es größere Lichtungen, die sich durch Stürme, Brände, Wildtiere und Insekten geformt hatten. Etwa ein Drittel der Bäume war abgestorben, ihre Stämme standen als mächtige Säulen noch über Jahrzehnte, bevor sie zusammenbrachen und den Wald fast undurchdringlich machten. In den Lücken wuchsen wieder junge Bäume heran. Das einzig Beständige in dieser Wildnis war der stete Wandel.
Die Urwälder waren in den tieferen Lagen vor allem aus Buchen und Eichen zusammengesetzt, während in den Hochlagen oberhalb von 800 Metern die Tanne zusammen mit der Buche dominierte. Fichten gab es deutlich weniger als heute, sie wuchsen vor allem in den kälteren Hochlagen. Dauerhaft waldfrei waren nur einige Moore, Felsen und Blockhalden - Lebensraum für einige hochspezialisierte Arten.
Die ersten Dauersiedlungen entstanden im Nordschwarzwald vor etwa 1000 Jahren. Die folgende Rodung der Hochflächen, die immer intensivere Beweidung und Holznutzung für die Flößerei zerstörten die Urwälder nach und nach fast vollständig. Die seit rund 250 Jahren wieder aufgeforsteten Wälder sind in ihrer Struktur nicht mit den ursprünglichen vergleichbar. Vor allem die Moore, Kare, Felsen, Blockhalden und die länger ungenutzten Bannwaldgebiete vermitteln aber bis heute einen kleinen Eindruck von der Urlandschaft des Schwarzwaldes.